본명은 박인희로 1930년 충남 아산 시골 마을의 유학자 집안에서 막내아들로 태어났다. 어린 시절 시골의 아름다운 속에서 부모와 조부모의 따듯한 보살핌을 받으며 자랐다. 유학 중 귀국한 형의 영향으로 위대한 시인이자 작가를 꿈꾸었고, 재수 끝에 경복중학교에 진학하였다. 청년기에 전쟁의 참화 속에서 입대했으나 훈련 도중 병을 얻어 의병제대한다. 피난 시절 부산에서 서울대학교 문리과대학의 불문학과에 입학하여 본격적으로 문학에 매진한다. 대학원 석사논문을 프랑스어로 쓸 정도로 탁월한 실력을 보였으며, 석사학위를 받고 곧바로 이화여자대학교에서 전임교수로 발탁되었다. 그러나 안정된 직업인 교수의 생활을 버리고 다시 프랑스로 떠나 문학 박사학위를 받았으나, 이에 그치지 않고 미국으로 건너가 철학 박사학위를 받는 인문학을 향한 구도의 길을 걸었다. 그후 시몬스대학교, 포항공과대학교, 이화여자대학교, 서울대학교를 비롯해 세계 각지에서 학생들을 가르쳤으며, 많은 글들을 발표하고, 예술과 과학과 동양사상 등으로 끊임없이 새로운 영역을 개척하는 선구자적인 인문학자로 살았다. 또 한편으로 시를 쓰는 창작도 일생 동안 지속하여 어린 시절의 꿈대로 시인이자 작가이며 철학자인 인문학자로서 아름답고 위대한 ‘사유의 둥지’를 완성하였다. 

저서로는 <박이문 인문학전집 전10권(2016년, 2017년 특별판)>을 비롯하여 100권에 이른다. 선생의 저서는 독일과 중국을 비롯하여 외국에서도 다수 출판되었으며, 필생의 저서인 <둥지의 철학>은 영국의 사프론(Saffron) 출판사에서 2015년 출간된 바 있다. 박이문 선생은 2006년 인촌상(인문사회문학부문)을 수상했고, 2010년에는 프랑스 정부 문화훈장(교육공로)을 수상했으며, 2012년에는 대한화학회가 제정한 ‘탄소문화상’ 제1회 수상자로 대상을 받은 바 있다. 2017년 3월 26일 별세하였다.