1965년 부산에서 태어났다. 1982년 3월, 만 16세 11개월의 나이로 서울대 법대에 최연소 입학을 하였고, 1980년대 하반기 대학원을 다니며 이수성 서울대 총장(이후 국무총리)의 조교로 일하였다. 대학원 재학 기간 동안 이진경(현 서울산업대 교수), 진중권(현 중앙대 겸임교수) 등과 함께 주체사상 비판작업을 수행하고, 필명으로 <주체사상 비판>(벼리출판사)를 출간하였다. 1992년에는 만 26세 11개월의 나이로 최연소 울산대 교수로 임용되어 화제거리가 되었다. 1993년 고향 및 대학 선배인 백태웅씨(현재 카나다 브리티시 컬럼비아 로스쿨 교수)가 이끄는 <사회주의노동자동맹>을 도운 혐의로 반년간 옥고를 치렀고, '앰네스티 인터내셔널'에 의한 '양심수'로 지정되었다. 재판 당시 천정배 변호사(이후 법무부장관)가 그의 변호팀을 이끌었다. (--- 위키피디아) 2001년 12월 이후로 서울대학교에서 법을 연구하고 가르치고 있다. 2000년 이후 참여연대 사법감시센터 (부)소장으로 시민운동에 참여하였고, 2007년 12월 대법원장 지명으로 국가인권위원회 인권위원으로 임명되어 인권침해와 차별에 대한 조사와 구제에 일조하고 있다. 전공인 법학연구를 삶의 중심에 놓으면서도, 여력이 되는 대로 전공 밖의 세상일에 관여하고 있다. 법의 제정.해석.집행의 문제, 그리고 인권의 보장과 신장의 문제가 애초부터 세상 일과 따로 떨어져 있을 수 없으므로. 2003년 한국형사법학회 정암형사법학술상, 2007년 서울대 법과대학 우수연구교수상을 수상했으며 2004년 <한겨레신문사>, “한국의 미래 열어갈 100인” 중 “학술(인문·사회) 8인”, 2005년 <경향신문사> “한국을 이끌 60인”, 2006년 대한민국 학술원 우수도서 선정되었다. 학술서로는 <양심과 사상의 자유를 위하여>, <형사법의 성편향>, <위법수집증거배제법칙>, <로스쿨 형법총론> 등을, 에세이집으로는 <성찰하는 진보>를 발간했다. 

서울대학교 법과대학 법학과 졸업, 동 대학원 졸업(법학석사), 독일 Max-Plank 국제 및 외국형법연구소 객원연구원, 독일 프라이부르크 대학교 법학박사(Dr. jur.), 미국 워싱턴 주립대학교 로스쿨 방문학자, 국가인권위원회 비상임 인권위원, 사법개혁위원회 위원, 사법제도개혁추진위원회 실무위원, 법무부 형사법개정특별심의위원회 위원, 한국형사정책학회 회장, 한국형사법학회 회장
현재, 서울대학교 법과대학 교수

[저서]
Anklagepflicht und Opportunit?tsprinzip im deutschen
und koreanischen Recht (Dissertation)
방송통신대학교재 형법각론 사례입문 형법총론 (개정판)
객관식 형사소송법 (개정판) 판례백선 형법총론 (개정증보판)
판례백선 형법각론 I 국가적 법익 간추린 신형사소송법 (제2판)
판례분석 신형사소송법 신형사소송법 (제2판)
신판례분석 형법총론

[역저]
입문 일본형사수속법 (三井誠ㆍ酒卷匡 저)

[편저]
효당 엄상섭 형법논집 (신동운ㆍ허일태 공편저)
효당 엄상섭 형사소송법논집 (신동운 편저)
권력과 자유 (엄상섭 저, 허일태ㆍ신동운 공편)
유병진 법률논집 재판관의 고민 (신동운 편저)